1935 spricht die "Ministerialabteilung für die höheren Schulen" in Stuttgart in einem Schreiben an das Rektorat des Karlsgymnasiums in Heilbronn 1) noch von der Daseinsberechtigung des Gymnasiums. In dem mit "Gd" gezeichneten Antwortschreiben der Stuttgarter Schulbehörde auf den Jahresbericht von Prof. Adolf Weber, den damaligen Amtsverweser am Karlsgymnasium nach dem allzufrühen Ausscheiden von Dr. Würthle als Schulleiter (am 9. November 1933), heißt es in einer mehr als verquasten Formulierung: "Das humanistische Gymnasium wird eine umso größere Daseinsberechtigung im Dritten Reich haben, je volksnaher es ist und je mehr es zu den eigentlichen Wurzeln der Antike zurückkehrt, d.h. zur Wiederentdeckung der nordischen Rassenseele im Griechen- und Römertum." Dazu erübrigt sich wohl jeder Kommentar. Die Feststellung Webers in seinem Jahresbericht: "Das in das äußere und innere Leben unserer Schule einschneidendste Ereignis bildete der Weggang des erkrankten Ob.st.d. Dr. Würthle mit dem Eintritt des Stellvertreters Dr. Majer, Studienassessor ..." wird am Rand des Schreibens mit dem Zusatz "zurechtgerückt": "Ich meine doch die nat.soz. Revolution!" Die wahren Gründe für den "Weggang" bzw. die "Erkrankung" Paul Würthles werden deutlich, wenn man die Würdigung für diesen mutigen und hartnäckigen Kämpfer gegen den Nationalsozialismus durch Dr. Walther Sontheimer liest, den langjährigen Schulleiter des Stuttgarter Eberhard-Ludwig-Gymnasiums und Freund Würthles.2) Immerhin ließ man in Stuttgart die Dankesworte Webers an Würthle anläßlich der damaligen Schulschlußfeier unbeanstandet und unkommentiert durchgehen ("dem ich, als einem Mann von hohen Gaben des Geistes, von tiefem Verständnis für die Jugend, als begeistertem Vorkämpfer für die humanistische Schule und erfolgreichen Lehrer und Erzieher der Jugend zu echtem Idealismus für seine treue, aufopfernde Tätigkeit im Dienste des Gymnasiums den Dank der Anstalt aussprach.").3)

Nachfolger von Dr. Würthle, der sich offen und ohne Rücksicht auf seine Person und seine Familie der nationalsozialistischen Entwicklung entgegenstellte (er war nur gut ein Jahr Schulleiter des Karlsgymnasiums), wurde Dr. Albert Ströhle (1934 - 1939) und nach ihm Dr. Theodor Waechter (1940 - 1945).

Entsprechend den Zielen der nationalsozialistischen Regierung, die keinerlei Interesse daran zeigte, die humanistischen Gymnasien zu erhalten, wurde 1938 die Eigenständigkeit des Karlsgymnasiums aufgehoben, die Schule mit der Dammrealschule bzw. Teilen davon vereinigt und als Karlsoberschule als eine Oberschule der Einheitsform weitergeführt. Wie dem Heilbronner Karlsgymnasium so erging es auch seiner gleichnamigen Stuttgarter Schule und acht weiteren humanistischen Gymnasien im alten Land Württemberg. Lediglich drei humanistische Gymnasien (in Stuttgart, Ulm und Tübingen) ließen die Nationalsozialisten unter ihrem württembergischen Kultminister (und späteren Ministerpräsidenten) Mergenthaler, einem ursprünglichen Mathematiker, fortbestehen.

Doch ließ man auch während der Zeit der vereinigten Vorgängerschule, der Karlsoberschule, zu, dass die vom Karlsgymnasium herrührenden Parallelklassen nach dem humanistischen Lehrplan zum Abschluss geführt wurden.5) Von einer gewissen Bedeutung für alle höheren Schulen war die Herabsetzung der Schulzeit von neun auf acht Jahre. Wie sich derartige Bestrebungen und Vorgänge, die Höheren Schulen betreffend, in Abständen doch wiederholen, wenn auch unter anderen Vorzeichen und mit anderen Zielen.

Nachdem das Gebäude des einstigen Karlsgymnasiums kurzzeitig nach Beginn des Krieges als behelfsmäßige Kaserne zur Unterbringung frisch eingezogener Soldaten gedient hatte,6) wurde es kurz vor Kriegsende (1944) Reservelazarett. Die schrecklichen Flugzeugangriffe am 4. Dezember 1944 ließen mit dem größten Teil des Stadtkerns auch das stattliche Gebäude des Karlsgymnasiums in Schutt und Asche versinken. Und dazu gehörten auch - soweit nicht ausgelagert - die unersetzlichen Werte der alten Gymnasialbibliothek. Damit man vom Umfang dieser Bücherei eine Vorstellung hat, muss daran erinnert werden, dass zum Zeitpunkt der Mediatisierung Heilbronns (1802/1803) von den ca. 12 000 Bänden, die die Heilbronner Stadtbibliothek damals umfasste, der größere Teil der Bücher in die Lehrerbibliothek des Gymnasiums und später (1827) des Karlsgymnasiums überging. Darüberhinaus gehörte aus dem Bestand von 300 Inkunabeln (Frühdrucken bis 1500) und einer kleineren Anzahl von Handschriften ein Teil zur Gymnasialbibliothek, nicht zu vergessen der vom einstigen (1887 - 1898) Lehrer des Karlsgymnasiums Edwin Mayser herausgegebene und dadurch berühmt gewordene "Heilbronner Musikschatz". Erhalten geblieben sind aus diesen Beständen der Gymnasialbibliothek, die teils nach Schloss Domeneck (und Gut Seehof) bei Züttlingen (1944), teils in die Schlosskirche in Neuhaus bei Babstadt (1942) ausgelagert waren, 719 Bände, sowie ein Großteil der Inkunabeln und Handschriften und der Musikschatz.7)